Ngày 5/3/2004, Bộ Tư lệnh Quân chủng Hải quân đã quyết định thành lập khung Vùng Cảnh sát biển 3 thuộc lực lượng Cảnh sát biển Việt Nam (tiền thân của Vùng Cảnh sát biển 2 ngày nay).
Sau hơn 3 năm xây dựng cơ sở hạ tầng, ngày 5/9/2007, Vùng Cảnh sát biển 3 chính thức được tổ chức biên chế các cơ quan, đơn vị và các tàu.
Ngày 19/12/2009, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng quyết định đổi tên Vùng Cảnh sát biển 3 thành Vùng Cảnh sát biển 2; quản lý vùng biển từ đảo Cồn Cỏ tỉnh Quảng Trị đến đảo Cù Lao Xanh thuộc tỉnh Bình Định.
Ngày 10 tháng 9 năm 2014, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ký Quyết định đổi tên Bộ Chỉ huy Vùng 2 Cảnh sát biển thành Bộ Tư lệnh Vùng 2 Cảnh sát biển.[5]
